SerNet wurde 1996 in Göttingen gegründet und 1997 ins Handelsregister der Stadt eingetragen.

Bereits in 2005 wurde der Standort in Berlin eröffnet, um für den Deutschen Bundestag schnelle Reaktionszeiten in einem Linux-Projekt gewährleisten zu können.

Von 2008 bis 2011 gab es zum ersten Mal eine Tochterfirma in Kalifornien für ein zeitlich begrenztes Kundenprojekt. Im November 2021 wurde die SerNet, Inc. dann erneut gegründet und hat ihren Sitz im Herzen von San Francisco.